La fièvre aphteuse est une maladie très hautement contagieuse. C'est donc la maladie transfrontalière typique. Elle n'affecte que les animaux à onglons pairs: Bovins, ovins, caprins, porcins, camelins.
La FA est provoquée par un virus de la famille des picornaviridés. Il existe 7 sérotypes de virus de la FA: O, A (découverts en 1922), C, SAT 1,2 et 3, Asia. Lors de l'infection par une souche virale appartenant à un sérotype, un animal n'est pas protégé d'une infection par un autre sérotype.
A l'intérieur d'un sérotype, quand une lignée (un groupe de virus génétiquement proches) correspond à une zone géographique on utilise la notion de topotype (Knowles, 2001 pour le sérotype O, Bastos, 2001 pour SAT1).
La fièvre aphteuse se traduit par l'apparition de lésions buccales, podales et sur la mamelle. Elle atteint les artiodactyles (mammifères à onglons pairs) mais on note une différence importante des symptômes selon les espèces et les souches virales.
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